המשרד לאיכות הסביבה רואה חשיבות רבה במניעה או במיזעור ההשפעות השליליות של מערכת התחבורה על הסביבה.
המשרד שם דגש על על מניעת היווצרות מפגעים כבר בשלב התכנון. הפעילות של המשרד מתבצעת במספר מישורים:

• תכנון: המשרד מעורב בהליכי תכנון רשת הכבישים והמסילות החל משלב תוכנית המתאר הארצית ובהמשך בליווי של התכנון המפורט (בהתאם לסוג התוכנית ומוסד התכנון בו היא מטופלת). הדגשים בתכנון הם בבחינת נחיצות התשתית, מיזעור צריכת הקרקע שלה והקטנת ההשפעות הסביבתיות שיגרמו בעת סלילת הכביש או המסילה ולעת הפעלתם.
• טיפול במזעור מפגעים: המשרד מטפל באופן אינטנסיבי במפגעי רעש וזיהום אויר הנגרמים ממערכת התחבורה המוטורית. החל מקידום תקינה ואימוץ תקינה מתקדמת ועד אכיפה בשטח.
• רגולציה וכלכלה: המשרד מקדם כלים כלכליים ורגולטיביים, אשר מטרתם להשפיע על מערכת התחבורה. למשל: עידוד גריטת כלי רכב, מיסוי דלקים וכלי רכב, הפנמת היבטים סביבתיים להערכה כלכלית של פרוייקטים תחבורתיים.
• המשרד מעודד אלטרנטיבות לתנועה המוטורית על- ידי הגברת הפעילות בנושא אופניים, עריכת פיילוט לצמצום שימוש בכלי רכב על ידי מעסיקים, סיוע לקידום תוכניות של תחבורה ציבורית ועוד.